آیت‌الله مشکینی پس از تبعید حضرت امام، با برپا کردن مجالس دینی از جنایات رژیم پهلوی پرده بر‌داشت و همواره اقدامات رژیم پهلوی را محکوم می‌کرد. مبارزات آیت‌الله مشکینی علیه طاغوت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت. وی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نیز مسؤلیت‌های مهم و حساسی از جمله ریاست مجلس خبرگان رهبری را بر عهده گرفت. این روحانی مبارز سرانجام در 8 مرداد 1386 دار فانی را وداع گفت.
یکی از اقدامات آیت‌الله مشکینی در مسیر مبارزه، جلوگیری از انحراف نهضت اسلامی بود. در کتاب "آیت‌الله مشکینی زندگی و مبارزات" که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده در این رابطه آمده است: از مسائلی که پس از اوج‌گیری و توسعه مبارزات اتفاق افتاد، تغییر مواضع برخی مسئولان و نمایندگان رژیم پهلوی بود که اگر هوشیاری رهبران نهضت نبود این مسئله می‌توانست نهضت را به انحراف بکشاند.
مثلا یکی از نمایندگان تبریز در مجلس شورای ملی، پس از حوادث 29 بهمن تبریز، سخنرانی‌هایی در مخالفت با رژیم پهلوی ایراد و با آیت‌الله شریعتمداری هم رابطه نزدیکی برقرار کرده بود. به دنبال این ارتباط، موضوع حذف شعار "شاه باید برود" از سوی آقای شریعتمداری به آیت‌الله مشکینی پیشنهاد شد که وی به شدت با این موضوع مخالفت کرد.
آیت‌الله احمد میانجی درباره این درخواست شریعتمداری و جواب آیت‌الله مشکینی در تابستان 1357 می‌گوید: «آقای آشیخ مرتضی اشرافی رابط بین من و آقای شریعتمداری بود، مطالبی را به ایشان سفارش می‌کرد. روزی ایشان آمد و به من گفت: آقای شریعتمداری می‌گوید در ایران کودتا می‌شود و اگر کودتا شود آمریکایی‌ها چنین و چنان می‌کنند. به ایشان گفته بود، برو به آقای احمدی بگو به زنجان برود و با آقای مشکینی صحبت نماید تا او امام را قانع کند که شاه از ایران نرود، ما در انتخابات شرکت کنیم و رأی اکثریت را ببریم و از این راه شاه را محدود کنیم. تابستان بود و آقای مشکینی هم در زنجان اقامت داشت، رفتم با ایشان صحبت کردم. او گفت با وجود شاه نمی‌توان انتخابات آزادانه انجام داد.»
بدین ترتیب می‌توان گفت که آیت‌الله مشکینی با توجه به بصیرتی که داشت، به انحرافی که در پی رخنه در نهضت اسلامی بود پی برده و با آن مقابله کرد.
