به‌طور معمول، طرحها و لوایح مجلس ابتدا در کمیسیونهای مربوط مورد بررسی کارشناسی قرار می‌گیرد و در هنگام طرح در صحن علنی مجلس، نظر نهایی کمیسیون پرسیده و اعلام می‌شود.
مجلس شورای اسلامی دارای 12 کمیسیون تخصصی است که هر یک در محدوده تخصصی خود به بررسی طرحها و لوایح و سایر امور مرتبط با مجلس می‌پردازند که در گزارش زیر به اختصار وظایف هریک از این کمیسیونها ذکر شده است.
** آموزش و تحقیقات
کمیسیون آموزش و تحقیقات: این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده آموزش و پرورش عمومی، آموزش فنی و حرفه‌ای، آموزش عالی، تحقیقات و فناوری تشکیل می‌شود.
** اجتماعی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده امور اداری و استخدامی، کار، اشتغال، روابط کار و تعاون تشکیل می شود.
** اقتصادی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده اقتصاد و دارایی، بازرگانی داخلی و خارجی تشکیل می‌شود.
** امنیت ملی و سیاست خارجی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده سیاست و روابط خارجی، سیاست داخلی، شوراها، شهرداریها، اطلاعات و امنیت داخلی، دفاع و امنیت خارجی و ثبت احوال مطابق این آیین‌نامه تشکیل می‌شود.
** انرژی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده نفت، گاز، برق، سدها و نیروگاه‌های آبی و برقی، انرژی اتمی و انرژیهای نو مطابق ضوابط این آیین‌نامه تشکیل می‌شود.
**برنامه و بودجه و محاسبات:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده برنامه، بودجه، نظارت برنامه و بودجه و دیوان محاسبات و امور مالی مجلس و آمار و خدمات عمومی فنی و همچنین نظارت و مراقبت بر اجرای مقررات بودجه و امور مالی مجلس و نحوه هزینه کردن آن. رسیدگی به عملکرد بودجه سالیانه مجلس و ارایه گزارش آن حداکثر تا پایان شهریور ماه سال بعد جهت چاپ و تفریغ بین نمایندگان و بازرسی و رسیدگی دقیق و نظارت در مورد کلیه اموال و اشیا منقول و غیرمنقول مجلس شورای اسلامی و ارایه گزارش سالیانه جهت چاپ و توزیع بین نمایندگان تشکیل می شود.
** بهداشت و درمان:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده بهداشت و درمان، امداد، بهزیستی، تامین اجتماعی و بیمه‌های اجتماعی و هلال احمر تشکیل می‌شود.
** صنایع و معادن:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده صنایع، پست، مخابرات، معادن، پتروشیمی، صنایع هوافضا و ارتباطات تشکیل می‌شود.
** عمران:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده راه و ترابرای، مسکن، عمران شهری و عمران روستایی تشکیل می‌شود.
**فرهنگی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده فرهنگ و هنر، ارشاد و تبلیغات، صدا و سیما و ارتباطات جمعی، تربیت بدنی و جوانان و زنان و خانواده تشکیل می شود.
** قضایی و حقوقی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده قضایی و حقوقی تشکیل می شود.
** کشاورزی، آب و منابع طبیعی:
این کمیسیون برای انجام وظایف محوله در محدوده کشاورزی، منابع آب، دام و طیور، شیلات، محیط زیست و هواشناسی تشکیل می‌شود.
** اصل نودم قانون اساسی مجلس:
این کمیسیون به منظور اجرای اصل نودم قانون اساسی تشکیل می شود تا طبق قوانین مصوب مربوط به خود، اداره و انجام وظیفه کند.
اصل نودم قانون اساسی به این شرح است:هر کسی شکایتی از طرز کار مجلس یا قوه مجریه یا قوه قضائیه داشته باشد، می‌تواند شکایت خود را کتبا به مجلس شورای اسلامی عرضه کند. مجلس موظف است به این شکایات رسیدگی کند و پاسخ کافی دهد و در مواردی که شکایت به قوه مجریه و یا قوه قضائیه مربوط است رسیدگی و پاسخ کافی از آنها بخواهد و در مدت متناسب نتیجه را اعلام نماید و در موردی که مربوط به عموم باشد به اطلاع عامه برساند.
**کمیسیون مشترک:
در مواردی که طرح یا لایحه‌ای در مجلس مطرح می‌شود و به تشخیص هیئت رئیسه بررسی آن در حیطه کار چند کمیسیون باشد، کمیسیونی مشترک از اعضای کمیسیونهای مرتبط برای بررسی طرح یا لایحه مذکور تشکیل می شود.تعداد اعضای کمیسیون مشترک 23 نفر می‌باشد که سهم هر یک از کمیسیونهای مرتبط به وسیله هیات رئیسه مجلس مشخص می‌شود.در کمیسیون مشترک یک نفر به عنوان رئیس و دو نفر به عنوان نایبان رئیس یک نفر به عنوان مخبر و دو نفر به عنوان منشی مجموعا به عنوان هیات رئیسه کمیسیون با رای مخفی با ورقه و با اکثریت نسبی آرای اعضای کمیسیون انتخاب می‌شوند.
**کمیسیون ویژه:
در مواردی که مسایل مهم و استثنایی در کشور رخ می‌دهد مجلس به پیشنهاد حداقل 15 نفر و با تصویب در جلسه علنی کمیسیون ویژه‌ای برای رسیدگی و تهیه گزارشی در این ارتباط تشکیل می‌دهد.اعضای این کمیسیون بنابه نظر پیشنهاد دهندگان هفت تا 15 نفر خواهند بود که در جلسه علنی مجلس و با رای مخفی با ورقه و براساس اکثریت نسبی آرای نمایندگان حاضر انتخاب می‌شوند.هیئت رئیسه این کمیسیون با انتخاب یک نفر به عنوان رئیس دو نفر به عنوان نایبان رئیس یک نفر به عنوان مخبر و دو نفر به عنوان منشی شکل خواهد گرفت.
**کمیسیونهای خاص مجلس
کمیسیونهای خاص مجلس شورای اسلامی عبارتند از کمیسیون تحقیق، کمیسیون تدوین آیین‌نامه داخلی مجلس، کمیسیون اصل نودم قانون اساسی و کمیسیونهای تخصصی.
**کمیسیون تحقیق
کمیسیونی است که به منظور بررسی اعتبارنامه‌هایی که توسط شعب مورد تایید قرار نگرفته است یا از سوی نمایندگان مورد اعتراض واقع شده است تشکیل می شود.
این کمیسیون دارای پانزده عضو اصلی و پانزده عضو علی‌البدل است.اعضای اصلی و علی‌البدل این کمیسیون توسط شعب تعیین می شود. بدین صورت که هر یک از شعبه‌های مجلس پس از تعیین هیئت رئیس خود دو نفر از اعضای خود را که آگاهی بیشتری به مسایل حقوقی داشته و از صلاحیت لازم برخوردار باشند را به عنوان اعضای اصلی و علی‌البدل کمیسیون تحقیق انتخاب می‌نمایند.
** تدوین آیین‌نامه داخلی مجلس:
این کمیسیون به منظور بررسی طرحهای مربوط به مواد آیین‌نامه داخلی مجلس و اعلام نظر درباره آنها تشکیل می شود. اعضای این کمیسیون 15 نفر هستند که با معرفی یک نفر از هر شعبه تعیین می‌شوند.
