قیصر امین‌پور، در سال ۱۳۶۳ بار دیگر اما در رشته زبان و ادبیات فارسی به دانشگاه رفت و این رشته را تا مقطع دکترا گذراند و در سال ۱۳۷۶ از پایان‌نامه دکترای خود با راهنمایی دکتر محمدرضا شفیعی کدکنی با عنوان «سنت و نوآوری در شعر معاصر» دفاع کرد. این پایان‌نامه در سال ۱۳۸۳ و از سوی انتشارات علمی و فرهنگی منتشر شد.
او در سال ۱۳۵۸، از جمله شاعرانی بود که در شکل‌گیری و استمرار فعالیت‌های واحد شعر حوزه هنری تا سال ۱۳۶۶ تأثیر گذار بود. وی طی این دوران مسئولیت صفحه شعرِ هفته‌نامه سروش را بر عهده داشت و اولین مجموعه شعر خود را در سال ۱۳۶۳ منتشر کرد. اولین مجموعه او «در کوچه آفتاب» دفتری از رباعی و دوبیتی بود و به دنبال آن «تنفس صبح» تعدادی از غزلها و شعرهای سپید او را در بر می‌گرفت. امین پور هیچگاه اشعار فاقد وزن نسرود و در عین حال این نوع شعر را نیز هرگز رد نکرد.
دکتر قیصر امین‌پور، تدریس در دانشگاه را در سال ۱۳۶۷ و در دانشگاه الزهرا آغاز کرد و سپس در سال ۱۳۶۹ در دانشگاه تهران مشغول تدریس شد. وی همچنین در سال ۱۳۶۸ موفق به کسب جایزه نیما یوشیج، موسوم به مرغ آمین بلورین شد. دکتر امین‌پور در سال ۱۳۸۲ به‌عنوان عضو پیوسته فرهنگستان زبان و ادب فارسی برگزیده شد. وی در سال ۱۳۸۶ بر اثر بیماری کلیه و قلب دار فانی را وداع گفت.
آثار
از وی در زمینه‌هایی چون شعر کودک و نثر ادبی، آثاری منتشر شده‌است که به آنها اشاره می‌کنیم:
طوفان در پرانتز (نثر ادبی، ۱۳۶۵)
منظومه ظهر روز دهم (شعر نوجوان، ۱۳۶۵)
مثل چشمه، مثل رود (شعر نوجوان، ۱۳۶۸)
بی‌بال پریدن (نثر ادبی، ۱۳۷۰)
مجموعه شعر آینه‌های ناگهان (۱۳۷۲)
به قول پرستو (شعر نوجوان، ۱۳۷۵)
گزینه اشعار (۱۳۷۸، مروارید)
مجموعه شعر گل‌ها همه آفتابگردان‌اند (۱۳۸۰، مروارید)
دستور زبان عشق (۱۳۸۶، مروارید)
«دستور زبان عشق» آخرین دفتر شعر قیصر امین پور بود که تابستان ۱۳۸۶ در تهران منتشر شد و بر اساس گزارش‌ها، در کمتر از یک ماه به چاپ دوم رسید.
